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By Andrea Hansen

ISBN-10: 3034876203

ISBN-13: 9783034876209

ISBN-10: 3764365129

ISBN-13: 9783764365127

Locker und leicht verstandlich geschrieben fuhrt dieser Leitfaden in die Grundlagen und Moglichkeiten der Sequenzanalyse ein.

Das Buch beginnt mit einer Einfuhrung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschlie?end werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gangigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). a number of Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Baume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erlauterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gangigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im web oder freie software program angegeben.

Das Buch richtet sich an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik, speziell Studenten und Forscher, die sich mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen mussen.

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389 WUrzel 0 . 391 0 . 4: CLUSTAL W, 1: Distanzmatrix von 7 Sequenzen, 2: Ungewurzelter NJBaum, 3. Gewurzelter NJ-Baum. , 1994]) 3. 4 mit Seq 1 und 2 und mit Seq 3 und 4. Die paarweisen Alignments Seq 1/2 und Seq 3/4 werden anschließend wieder paarweise miteinander alignt. Dann folgt das Alignment von Seq 1/2/3/4 mit Seq 5 usw . Werden bei dem Alignment von zwei Sequenzen bzw. Clustern Gaps eingefügt, so bleiben sie für immer bestehen. Das paarweise Alignment in CLUSTAL W bewertet Gaps in diesem Schritt unterschiedlich.

Je kleiner dieser Wert ist, um so glaubwürdiger ist das errechnete Alignment. 1. FASTA E größer, so nimmt auch die Wahrscheinlichkeit zu, dass das Alignment durch Zufall entstanden ist. Am Anfang der Datenbanksuche wird vom Anwender ein E-Wert als Schwellenwert bestimmt, bis zu dessen Höhe Alignments angegeben werden. 2 Besondere Formen von FASTA Mit Hilfe von FASTA können nicht nur gleichartige Sequenzen miteinander verglichen und alignt werden. Es gibt eine ganz Reihe von speziellen Programmen innerhalb des FAsTA3-Paketes [Pearson, 2000]: FASTA: Suchsequenz Protein und Vergleichssequenz Protein-Datenbank oder Suchsequenz DNA und Vergleichssequenz DNA-Datenbank.

Dafür gibt es eine Vielzahl von Programmen, die die Aminosäuren farbig unterlegen oder sie selbst farbig hervorheben, z. B. Boxshade oder Texshade. Programme wie CLUSTAL x oder CINEMA bieten zusätzlich auch die Möglichkeit, die Alignments von Hand zu editieren. Zusammenfassung ~ Multiple Alignments werden in globale und lokale Alignments unterteilt. ~ Globale Alignments werden iterativ (z. B . Feng & Doolittle, CLUSTAL w) oder simultan (z. B. DAC) berechnet. Beides sind heuristische Ansätze, da der Zeit aufwand für ein exaktes optimales multiples Alignment zu groß ist.

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Bioinformatik: Ein Leitfaden fur Naturwissenschaftler by Andrea Hansen


by Anthony
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